5302 sayılı Yasanın 36 ncı maddesinin 4 ncü paragrafı “(Ek fıkra: KHK/661 - 24.10.2011 / m.62) Ge-nel sekreter, Valinin teklifi ve İçişleri Bakanının onayı ile atanır ve aynı usulle görevden alınır. Büyükşe-hir belediyesi bulunan illerde genel sekreter kadrosuna atananlar, genel idare hizmetleri sınıfına dâhil bakanlık genel müdürleri, genel sekreter yardımcısı kadrosuna atananlar bakanlık bağımsız daire baş-kanları, 1. hukuk müşaviri ve daire başkanı kadrosuna atananlar ise bakanlık daire başkanları için ilgili mevzuatında öngörülen ek gösterge, makam, görev ve temsil tazminatları ile 657 sayılı Devlet Memur-ları Kanununun 152 nci maddesi uyarınca ödenen zam ve tazminatlardan aynen yararlanırlar; diğer il-lerde ise genel sekreter kadrosuna atananlar genel idare hizmetleri sınıfına dahil bakanlık bağımsız dai-re başkanları, genel sekreter yardımcısı kadrosuna atananlar ise genel idare hizmetleri sınıfına dahil bakanlık daire başkanları için ilgili mevzuatında öngörülen ek gösterge, makam, görev ve temsil tazmi-natları ile 657 sayılı Devlet Memurları Kanununun 152 nci maddesi uyarınca ödenen zam ve tazminat-lardan aynı usul ve esaslar dahilinde yararlanırlar. Genel sekreter olarak atananların bu görevde geçen süreleri mesleki kıdemlerinde geçmiş sayılır. Ağrı İl Özel İdaresi Genel sekreterinin almış olduğu maaş ücretler aynen aşağıya alınmıştır.
ÖRNEK: Derecesi, Kademesi ¼, Ek Göstergesi 3600, Özel Hizmet Tazminat 200, Büyük Proje Tazmi-nat 30, Yan Ödemesi 1700, Hizmet Yılı 17, Evli 3 çocuk, eşi çalışıyor, Makam Görev Tazminat 12000, Ek Ödemesi 190 puan, Emekli Keseneği %130 olarak maaş ücret yapılıp kendisine ödenmektedir.
Genel Sekreter ve Genel Sekreter Yardımcıları 666 sayılı Kanun Hükmünde Kararname de 2 sayıl cetvel (Ek 10 uncu Maddenin Birinci fıkrasının (a) ve (b) Bentleri Kapsamında Yer Alan Personelin 2 sa-yılı cetvelde belirtilen Ücret ve Tazminat Gösterge Cetveli) nin Genel Sekreter için; 7 nci sırasında yazılı Müstakil Daire Başkanı; Ücret Göstergesi 54.300, Tazminat Göstergesi 30.000. puanlarını, Genel Sekre-ter Yardımcısı 8 inci sırasında yazılı Daire Başkanı 51.900 ücret göstergesi, 28.575 puan tazminat gös-tergesinin maaş olarak yapılmasını talep etmektedirler.
666 Sayılı KHK istinaden Maliye Bakanlığı 161 sayılı Tebliğ yayınlamış olup tam olarak anlaşılama-mıştır. İl Özel İdaresi Genel Sekreter ve Genel Sekreter Yardımcılarına 666 sayılı KHK nin 2 sayılı cetvel-de gösterilen tazminat ve ücretlerin kendisine verilip verilemeyeceği verilirse (Özel Hizmet Tazminatı, Ek Ödeme, Ek Gösterge, maaş, taban aylığı, kıdem aylığı gibi) hangi değerlerin dikkate alınacağı hangi değerlerin dikkate alınmayacağı, hangilerinin verileceği veya hangilerinin verilmeyeceği gibi hususların tamamında tereddüte düşülmüştür.